Altar Mayor
Colocado en el presbiterio. Es un monumental retablo barroco, dedicado a Santa María Magdalena, su autor fue el maestro de Zaragoza Miguel Puyal, que lo contrató el año 1743. La escultura de bulto son imágenes contemporáneas del retablo y representan a San Juan Bautista, San Plácido, la Magdalena, San Mauro, Santa Escolástica, y en el ático San Benito, entre ángeles que llevan la mitra, el báculo y un cuervo, propio de la iconografía de San Benito. En la construcción del retablo se aprovechan y colocan relieves de un retablo anterior, del año 1632, talladas por Juan de Berroeta: La Visitación, la Anunciación, Santa Ana con la Virgen, y las Bodas místicas de Santa Gertrudis. El dorado del retablo lo realizó el maestro Francisco Ariño.Altar de la Inmaculada
Colocado en la parte posterior de la iglesia, en las puertas de entrada al templo. El retablo fue realizado el año1682 por el arquitecto Juan Barón. Este retablo contiene un cuadro de la Inmaculada, pintado por Diego González de la Vega, discípulo de Francisco Rizzi y de Carreño. Esta Inmaculada se puede definir como más próxima al estilo de Carreño, y concretamente a su obra de la catedral vieja de Vitoria. Se presenta a la Virgen sobre el globo terráqueo, envuelta en movidos mantos y su barroquismo se complementa con la abundancia de angelitos portadores de los símbolos de las Letanías, sus posiciones sorprendentes y sus escorzos dan a la composición el atractivo tan propio a las representaciones de la Inmaculada.La Inmaculada de Escalante
Una de las obras de mayor interés artístico del monasterio es un cuadro de la Inmaculada, pintado en 1666 por Juan Antonio Frías Escalante (Córdoba 1630-Madrid 1670). Este cuadro se sabe que a mediados del XVIII pertenecía al canónigo navarro, arcediano en la catedral de Calahorra, D. Juan Miguel Mortela. Este canónigo, entre otras muchas obras construyó y donó a sus parientes Sres. de Antillón un palacio en Lumbier.Fue en este palacio donde pasaron las benedictinas los años 1837 a 1840, con motivo de la Desamortización de Mendizábal. Al volver al monasterio las monjas reciben de las hijas de Benito Antillón, como donación el cuadro de Escalante.
Este cuadro tiene en Escalante un antecedente con el mismo tema, fechado en 1663 y que actualmente se encuentra en el museo de Bellas Artes de Budapest. Los dos contienen los mismos elementos en su composición: La Virgen Inmaculada, el Padre Eterno, unos querubines que sostienen y muestran un gran espejo. El que se posee en el Monasterio de Santa María Magdalena, además tiene una disposición que lo hace verdaderamente bello y significativo. La composición del cuadro se puede dividir por medio de una línea que partiendo del Padre, pasa por el rostro de la Virgen y llega hasta el gran espejo, desde este espejo saldría otra línea siguiendo la disposición de los querubines hasta el ángulo inferior derecho. De esta manera se forma un triángulo, con vértice en el espejo y abierto hacia la derecha del cuadro. Inscrito dentro de este triángulo Escalante utiliza unos tonos oro claro formando un círculo de luz y ocupando este tondo luminoso se enmarca la figura de la Inmaculada. El círculo y la luz, nos hace referencia a lo celestial y eterno como sería la ubicación de la Virgen en el Cielo.
Cuadro de san Benito
Junto con el retablo de la Inmaculada en 1682 Juan Barón realizó otro, en que se instalaron dos cuadro de José Jiménez Donoso en 1687, que actualmente se encuentra en el claustro del Monasterio. Uno de los cuadros representa la imposición de la casulla a San Ildefonso y el otro a San Benito.Éste último representa a San Benito en éxtasis, contemplando a la Santísima Trinidad, con los brazos abiertos, mirando hacia lo alto. El rostro nos habla de las penalidades que sufría el santo. En el margen inferior izquierdo, varios querubines sostienen sus símbolos: La mitra, la Regla, el cuervo con un pan en el pico, y el báculo que forma una diagonal a media altura enmarcando la composición del cuadro. Paralela a esta diagonal se aprecia otra superior formada por la Trinidad, el rostro de San benito y su mano izquierda. Estas dos diagonales, la dirección de la mirada y la presencia de la Trinidad en un cielo más luminoso que el resto de cuadro, nos indica la dirección del éxtasis del santo, hacia el cielo y hacia Dios.